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不同植物共生於一個區塊間，組成了植物社會，立地條件越佳者植物種類越多，條件嚴苛者甚至只有一種得以生存。在穩定的植物社會中，有高中低木灌木與地被植物共存，但只有高木能獲得大多數的日照資源，但社會中的成員並未一面倒的採取向上發展的演化趨勢，顯見此一社會的成員間有某種互相為用的關係存在。

人類從植物社會中選取部分種類予以栽培，開啟了農耕時代，隨著農法的演化，栽培作物與人類同步的與自然環境漸行漸遠，現代工業化的農業，所生產的食物中存在著許多自然界不存在的人造物質，給食用的人類帶來無法預期的災難，因此萌發了有機農法，以對自然較為友善的方式從事農業生產，但仍使用藥劑防治病蟲害，勉強算是半套的自然農法。

當作物被強行移植於一區塊中從事生產，工業化的農法會將原本生存於此區塊中的生物全數滅絕，並且持續到作物收成。但諷刺的是這些作物像扶不起的阿斗，必須不斷的為它們剷除異己，以致形成一惡性循環，造成自然運行失衡，生產力不斷減少。

自然農法的方式是依作物的特性，採取輔助措施使其融入移居地的植物社會與生態環境中，而自然運行的力量，能使移入地迅速的重獲動態平衡，故栽培作物能健康的生育，被自然環境淘汰的機率反而較低。

因此植物的特性在自然農法中相當重要，這些特性是植物在原生地經漫長歲月演化而成的，而且不同的生命階段有不同的特性，如立地條件與其特性南轅北轍，勉強移入難免漫長的馴化過程，事倍功半是可以預期的。

這些特性主要包含對土壤、溫度、日照、水分等自然條件變化的適應方式，及在植物社會與生態、土壤環境中的共生關係與伴生關係等，這些特性就算是慣行農法亦不容忽視，採行自然農法時大部分的資訊皆可從中獲得。

雖然自然環境是如此的複雜多變，但大多數的植物只要有土壤與日照便能生長，所以用自然農法栽培作物並不困難，只要好好培養土壤與管理日照，作物便能獲得良好的生長。

土壤由不同粒徑的岩石與有機質組成，有很多的孔隙，讓水與空氣蘊藏其中，而且土壤中的岩石仍不斷的崩解以釋出礦物質供生物利用，但除了被生物固定的養分外，其餘的都會隨著降雨而移向湖泊海洋；而被作物固定的養分會有部分成為農產品而移出。因此必須適時補充自然資材，以持續釋出養分供應後續作物利用。

植物能將日照的能量轉化為碳水化合物儲存於植物體中，使植物不斷的生長繁衍，但並非所有的植物都需要完全的日照，亦非生育全程都需要相同的日照量，因此必須依據植物的階段需求調節日照的供應量，才能使植物獲得最佳的生育環境。

雖然作物大多可以適應在全日照環境下生育，且可獲得最高產量，但是作物的品質往往是較差的，而且常在馴化的過程中不敵其他植物的競爭，勢必增加田間管理的工作量。自然農法參考作物的日照需求與立地的日照條件而採行人為措施以調節最佳日照量，使作物能融入立地環境中。

土壤是植物賴以維生的基礎，在高溫多雨的地區通常是強酸性的，對大多數作物並不適合，因此有必要施用鹼性礦物質來改善，但若一次施用太多，土壤中的生物及其上的植物與昆蟲均會大受影響，造成生態系統急遽失衡，因此施用時仍需以漸進或局部的方式為之。

植物在自然環境中發展出對抗逆境的防禦機制，其中也包含了對昆蟲野獸與微生物侵襲的防禦，只在衰弱時會受其危害，導致衰弱的原因有新梢生長、枝葉過密、環境逆境，但在自然運行維持平衡狀態下，植物短暫衰弱時卻少有受害嚴重情形，因為取食的昆蟲有限，如輔以適當的人為措施，可望獲得良好之生育。

人為措施包含：

抽梢時期停止人為灌溉，使各種養分能均衡的送達新稍，減少新梢內碳水化合物的比例，雖然生長量會稍減，但昆蟲取食的喜好度會降低，轉而取食其他植物。

修剪過密的枝條，使存留的枝葉能累積更多的光合產物，增強防禦體系，但修剪會產生新傷口，暫時弱化植體，此時易為害的是微生物，故需在晴天時實施。

種苗移植時，常伴隨根系減少、水分減少與日照增加、傷口增加等情形，故必須先採取防範措施，減少移植衝擊，協助植物迅速恢復防禦能力，最好能自設苗圃自製易腐爛分解的植栽容器育苗，可在停梢期經斷水後不經修剪直接移植。

種植適當的伴生植物，以發揮提供昆蟲天敵棲身之所、協助與草類競爭、提供適度的遮蔭、改善移居地的微氣候等功能。

植物體內的有機物質組成複雜，但均由元素所化成，碳、氧、氫、氮含量高，且均可由大氣獲得(現在硫也可以)，其他元素含量較少，皆由土壤獲得，自然狀態下無須額外補充，但因1.栽培作物收穫後，部分元素移出栽培地，自然循環補充的速度無法滿足長期栽培的需求2.所有原素並非都處於作物可吸收狀態3.作物大部分均非原生物種，栽培地土壤的個別元素含量不一定足夠所需，因此為土壤補充元素成為各種栽培法之必需。

自然農法為土壤補充元素的方式是施用自然資材，可概分為固體的堆肥、礦石粉及液體的水與液肥。配合作物生長情況適時施用，使資材中的元素可迅速納入自然的循環，不斷的補充作物所需。

自然農法之精神在於使作物融入栽培地的生態體系，雖然仍無可避免的影響原有的平衡，但和緩的改變使自然運行的力量較易迅速重獲平衡。因此，不能自然生成存在的物質，包含人工基因改良的作物、賀爾蒙、抗生素、殺蟲劑、殺草劑等人類創造的物質均在禁用之列；而自然資材亦需考量對栽培地的影響酌量使用。

不同的物種伴隨其立地條件的變化，產生獨特對抗逆境的方式，而得以與自然運行融為一體，不斷繁衍進化，也因為各有不同的生存本領，相互競爭有限資源但卻能共生於一處，沒有一物種能獲得絕對的生存優勢，均仰賴別的物種獲得食物，本身亦成為其他物種的佳餚，構成完全利用的生態循環系統，這便是自然運行的平衡。

一片廢耕的土地，會由小型草類盤據，再依次由大型草類、陽性木本植物、陰性木本植物逐漸演化而成森林，這個過程不斷的變化亦不斷的產生平衡，在某個演化階段中也不難發現栽培作物的近親自然茂盛的成長，因此只要用雙腳實地體察這些變化，就能知道栽培作物適合的生長環境，以及生長的物候期。