現代產值的創造者
慣行農業大量使用除草劑、化學肥料與農藥，破壞了自然運行，而所生產的食物供人食用後，產生了各式各樣的文明病，讓醫療產業蓬勃發展，只是這樣的人為經濟生態鏈，肥了廠商，傷了生產者與食用者，受了毒害還求償無門。
雖然是不好的經濟生態鏈，但它卻是日益鞏固，因為食用者在乎的是農產品的外表，生產者在意的是收成時的獲利。
認證與檢測無法提供保障
現有的法規規範農產品的農藥殘留量，也禁止某些藥劑使用，但現在能用的藥劑不保證以後仍可使用，而檢測亦無法全面實施，偶而抽檢總有超過標準者已被食用。有機農法亦是循此模式，不過多了許多認證，亦對環境友善些。但是生產者牟取提高產量以增加獲利的心不變，所以只換了方式來除害蟲，殺蟲的意志仍舊不變。
改變從心開始
人類自詡為萬物的主宰，人定勝天的觀念被大肆宣揚，為了豐裕生活所需，肆無忌憚的取用自然資源，環境惡化速度加劇，逐漸影響日常生活，選擇生活環境的自由日益喪失。
雖然農業用地只占陸地面積的一部分，卻是人類最接近自然的環境，但在主宰者的意識下，極盡殺戮之能事，除作物外寸草不生，當然更容不得昆蟲的存在，以致地上所生產的食物存在著各式各樣的人造物質，讓食用者膽顫心驚。
人亦是自然界的一份子，且個體差異極大，對人造物質與天然毒物的忍受力亦是如此，因此改變農業生產方式製造無毒的食物漸被重視與採用，其中最為普遍的是有機農法，但生產者亦是以殺害「害蟲」的方式來確保收成，至於使用何種藥劑則無法一窺究竟，只衍生出一堆認證，達成某些人造物質不得檢出的共識而已，但這樣的標準仍經不起檢測。
因此要生產自然健康的食物必須從心開始，放棄主宰者的心態，讓作物在自然環境中成長以至收成。這樣的農業生產方式便是自然農法。
天體運行是自然運行的基礎
與我們息息相關的天體有地球、月球及太陽。地球的自轉一圈是一日，有日夜的變化也引起板塊運動；繞行太陽一周的時間是一年，繞行期間帶來了四季變化；月亮繞地球一周是一月，它的引力能產生潮汐變化、盈虧所反射的太陽能亦對生物產生影響。這些運行相當規律，周而復始的循環，人類體察這些變化現象而制訂曆法與節氣以為作息農耕之依據；而其他生物亦依此運行規律各有不同的作息方式，並內化於基因中，得以永續繁衍，成就現在的大千世界。
天體運行衍生的循環便是自然運行
天體運行本身是個循環系統，太陽供應能量、月亮改變磁場、地球提供原料，所有的生物均仰賴此三者始能成形，所有生物死後也盡歸塵土，這過程中，植物的生育有規律性的周期變化，微生物與動物的生育亦然，三者所共構的生態鏈亦是一個循環系統。因此在自然運行下的萬物是個天生我材必有用的社會，少了一個就會暫時失衡，所有成員都會受到影響。
農業活動是人類生存的本能
人類學會栽培作物與圈養動物後，逐漸進入衣食無缺的農業社會，但人們仍是在自然環境中求生存並與其和諧共存。進入工業時代後，農業也工業化，講究科學~但僅侷限在化學領域，只以化學肥料和化學藥劑來栽培作物，由於這種偏頗，將農業與自然分割，農地變成植物工廠，嚴重干擾自然運行，僅數十年間便已弊病叢生。
慣行農法已成化學農法
因為慣用化學物質栽培作物，現代的農業已成化學農業，慣行農法已成化學農法，將農業化學簡化為化學農業，這是嚴重的以偏概全，讓農業生產者逐漸遠離自然，與作物越來越生疏，這使原本可以讓人養生的農產變成僅能滿足口腹之慾的毒物，也讓原本應該是最健康安全的農業操作員成了危險的職業。
農業與自然同樣是完整的科學領域
自然與農業都能以科學的方法加以研究，它們包羅萬象，雖然有些不可思議的現象，令人無法一窺奧秘，但這只是人類目前的科學能力不足所致。所以自然農法也是科學的農法，且較目前的慣形農法更周延，更與宗教無關，人人皆可行。
向傳統農法取經
在沒有「科學」的時代，人們經由對自然細心的觀察與不斷的驗證，使農耕技術不斷的進步，他們只使用自然的材料與世代累積的經驗，便能從事農業操作養家活口，而且能持續生產力數千年，支持人類不斷繁衍，這種永續的農業已成自然運行的一部分。
當時的農業是農林漁牧混合經營的型態，沒有專業的分工，但無形中已促成豐富完整的生態鏈，沒有任何的垃圾產生；雖然目前的社會形態已難免專業的分工，但仍可依自身的條件採取合適的應對措施，以適應新的環境。
從能掌握的部分開始
天體運行雖然規律但非一成不變，環境逆境經常發生，這是人力無法改變的，所有生物皆莫可奈何，所以生物皆有對抗逆境的本領，自然成長的植物常較人為栽培的作物強健且具競爭力。向自然學習如何適應環境逆境便是我們所能掌握的部分。
現在農業的經營環境已無可避免會受到汙染，因為水與空氣都是循環的，人造的化學物質會透過這兩個媒介進到地球的每個角落，直到它們被分解為止。而土地的立地條件無法改變、作物的原種已難查考，所以現在農業經營所能掌握的只剩自然資材一項而已。
現代農業分工精細，提升生產力所需的自然資材不可能都自行生產，但每個農業生產者都掌握能生產的土地，可以運用這塊土地生產部分自然資材，不足的才自外地取得，尤其在慣行農法盛行的地區這是最佳的方式，可以避免人造化學物質干擾自然農法的操作。
體察自然運行
天體運行創造了很多自然現象，但在不同的地方有不同的現象，農業經營必須了解的氣溫變化、日照長短、降雨多寡、風力風向、地質條件…等，光靠大區域的數據常與現地相差甚遠，沒有實地的體察無法了解的。
因為自然農法不使用任何藥劑保護作物，完全仰賴生態平衡下物種相生相剋的力量來生產健康無毒的食物，因此更需了解當地自然運行所衍生錯綜複雜的生態鏈結，如植物的種類及其物候期、覓食昆蟲的種類及其天敵…等，才能採行適當的人為措施來增強作物的競爭力。
讓作物融入自然而非操縱自然
作物來自於自然界，雖有競爭者與取食者，但在物競天擇的環境中能激發物種的潛能，以確保生生不息的繁衍，只有在虛弱時或脆弱的部位容易招來覓食者，但也同時招來覓食者的天敵，因此少有嚴重受害的情形；但若除去作物栽培地中所有的雜草與昆蟲、微生物又給足了營養物質，在此優渥的環境中，植物會急速生長，甚至吸取的養分都來不及轉化為植體，它就會被外來的昆蟲蹂躪到體無完膚，只得不斷為它剷除異己，結果藥劑使用頻率越來越密，濃度越來越高，因為昆蟲也以同樣的速度在適應藥劑。
學習與植物溝通
健康的植物少有病蟲害，要栽培出健康的作物就必須先了解作物的環境需求與生理需求，才能採取符合作物需要的作為，使作物健康的生長，因此與作物溝通是栽培者的必要技能，但作物不會言語，因此必須透過察顏觀色來與作物溝通。
首先要了解作物健康時是何模樣？它的地上部是最容易觀察的，如葉的顏色、形狀、強度，莖的色澤與長度等，一般從所栽培的作物中找出最強壯、沒有昆蟲取食的植株即可，仔細觀察並在腦海中記下它的模樣，並在不同的物候期重覆觀察與記錄，以作為比對之用。
當植物營養失衡時，葉片會呈現不同徵狀，如葉色較淡，可能是缺氮素或缺水所致；葉的厚度變薄，可能是元素缺乏也可能是日照不足，每個栽培品種都有不同的表徵，需要花心思摸索，一但累積足夠經驗後，便能用自然資材或以人為措施來協助作物健康的生長。
從土壤培養做起
土壤是大自然的培養基，植物生長所需的所有營養物質在土壤中都已具備，完整的土壤組成包含岩石、有機質、空氣與水，只要讓它維持在良好狀態，植物生長所需的養分便不虞匱乏；改變它的組成，生存其中的微生物與植物優勢種類亦會改變。
開發土壤的生命力
土壤的表層因有機質與空氣多，微生物的數量較多，能固定較多營養物質，因此較底層土壤肥沃，而肥沃的土層厚度能有多厚，則需賴土壤中的小生物促成，其中最廣為人知的是蚯蚓，只要持續補充自然資材，它便能持續的為人們鬆軟土壤，增加沃土的厚度，幫助植物根深葉茂。
化學肥料的適用性
化學肥料的製造耗費很多能源，但其原料與製程在自然界中亦存在，實不需特別忌諱，不過它具有礦物質種類少但純度高的特點，無法提供植物均衡的營養，另一方面因環境汙染，由空氣與雨水補充的硫、氯元素已足供植物使用，故硫、氯的化合肥料需避免使用。其它肥料只要依據比例原則，當作製造堆肥的添加劑，其安全性與便利性較畜牧廢棄物為佳，因為它們不含人造的賀爾蒙與抗生素。
就地取材製作堆肥
實行自然農法後，自製堆肥安全又便宜，它的主原料是有機質，農場的雜草與作物殘體均是良好的素材，只要調整好碳氮比，補充因收成移出的礦物質及降低土壤酸度的礦石粉後壓實，並適時澆水翻堆，便可製成營養物質均衡的堆肥。最好能加入過篩的園土，因為它含有豐富的微生物與足夠的微量元素，能加速堆肥形成，而過程中亦會將土中微量元素轉化為有效態。
基因改良作物與畜牧廢棄物要腐熟後才使用
基因改良作物最常見的是黃豆，豆粕則是泛用的有機氮肥，畜牧廢棄物亦是常用有機氮肥，但若為使用配方飼料所產生者，抗生素與賀爾蒙含量甚高。若使用此兩種氮源製作堆肥，需經微生物分解至完全腐熟後使用，始可避免破壞土壤生態。
為自然留一塊淨土
自然農法本身也會干擾自然的運行，透過新的井田制度，將其中一個區域還給大自然，不再有人為的干擾，不久它便會孕育出平衡的生態系統，可迅速修補自然農法帶來的干擾，或四鄰採用慣行農法所造成的傷害。
一窪淺塘的功效
很多肉食性昆蟲與動物都需在水中生存一段時日，因此在田間的供排水渠道設個淺塘，或低窪處設個積水坑，都能豐富田間生態鏈，而且所蓄留的土壤相當肥沃，可直接施用於田間或作堆肥的添加材料，也可直接在淤積的淺塘中種植蔬果，是相當划算的田間設施。
植物也有社會結構
自然環境中，除了立地條件嚴苛的區域外，植物社會鮮少由單一種類組成；除了剛荒撫的土地，罕見由草類單獨形成植物社會。健全的植物社會中，有好陽的高木、中性的中低木與耐蔭的地被植物，彼此各取所需相互競爭與扶持。但栽培作物常被迫組成單一種類的植物社會，少了其他植物相伴，生物鏈脆弱易失衡，常見覓食者大量繁衍造成危害。
植物社會的改變要和緩
植物社會結構的改變對所在的自然環境必定會造成衝擊，包含生態、土壤與微氣候均會改變，越劇烈的改變越大，自然重獲平衡的時間便越長，因此要伐除樹木或地被以挪出空間給作物時要漸進為之；實施替代植生時也是如此，最好能從小苗或播種開始，畢竟經由競爭而替代對作物是最好的。
有心栽花花不開，無心插柳柳成蔭
這是拈花惹草的人們常會遇到的問題，而成敗的原因只在於得不得時，自然運行有規律的四季與日夜的變化，植物也有相對應的生存法則，以克服嚴冬酷暑，綿延生命，只要配合自然運行的節奏來栽培植物，就不需要耗費太多的精神去照顧它們的。
配合自然運行作田間管理
規律的自然運行造就了規律的生態循環，植物有生老病死，動物也是，自然界中兩者搭配得天衣無縫，幼小的毛毛蟲總有嫩葉可吃，破蛹的蝶總能採到花蜜，這絕非它們運氣好，而是兩者在自然運行下所演化形成的生態鏈，有著互利共生的關係。
植物在種子階段，便能感受自然運行，然後在最適當時機破甲而出，生根展葉，快速茁壯。在成長期中，根生長與枝葉生長都有一定的規律；進入生育期後，開花期與果熟期亦有規律，這種規律就是植物的物候期，同一種植物因立地條件不同，而有不同的物候期。
田間管理無非是要給植物一個適當的生育環境，配合立地自然運行的節奏來播種、移植、施肥、灌溉、修剪、採收等田間管理作業，將可獲得最佳效果。
日照是能量轉換的必要條件
植物能利用日照提供的能量將大氣與土壤中的養分轉化為碳水化合物，再合成其他物質儲存於植體內，以供再次生長所需，因此植物的生長必須仰賴日照，但有的植物需要直接照射的光源才能行光合作用，稱為陽性植物；只要有漫射光源便能光合作用的植物，稱為陰性植物。但其實這是兩極分法，大部分的植物均在兩極之間，對直射與漫射光源均能運用，而且不同生長階段有不同的光需求。
月亮的光也具有能量
月亮的光是太陽光的折射，很溫和但亦具有能量，它的亮度在滿月時達到最大量，同時也是月球引力影響最大的時間，動物與植物均受其影響，但因難以量化其影響力，而蒙上一層神秘面紗。
農藝作物未必需要全日照
農藝作物是指生長期短的作物，所以作物自然高度不高，可以密植以獲最高產量，是糧食與蔬果重要的來源。但大多數的農藝作物在原生地的社會結構中均屬日照較少的地被植物，只在開花結果期需要較多的日照。這些作物經由人類不斷的選育改良，多數已能適應全日照環境，以利大面積栽培，但亦必須投入更多心力去照顧。
作物的本土化
現今所栽培的作物幾乎都是當地植物社會中的外來移民，它們必須適應立地的環境後，才能在自然環境中生育，這個過程又稱馴化，馴化程度越低越離不開人為的照顧，越難以自然農法栽培。植物難以在當代完成馴化，大多數是內化為基因，透過種子去改善後代的適應力。
自行採種育苗的必要
在以獲利為目標的農業環境中，必須迎合消費者喜好來生產產品，因此選種亦以此為前提，而種苗的問題再以藥劑來幫它解決。自然農法栽培的種苗最好取用在地植物的種子，如果必須使用外來的種子，那就選自然條件較相符的品種來種，在收成時留健壯的植株，讓它開花結果，然後自行採收種子，待適當時機播種栽培，經歷的世代越久，所栽培的作物越具在地的競爭力。
移植與移植效應
為便於田間管理，作物常經育苗後才移至田間定植，但種苗在苗圃中的環境與田間的環境差異甚大，常有生長停滯或枯死的情況發生，這種現象就是移植效應，主因有地上部與地下部比例失衡、因移植產生新傷口、土壤介面不良等。
木本植物移植時常會修剪根系與枝葉，而此修剪會造成傷口，在乾燥時不易衍生為病害，但如果立即移植並澆水，常會成為病菌進入並孳生的管道，只要修剪後停止澆水並隔2-3天傷口癒合後再定植，便可避免。草本植物根系鮮嫩，採用容器育苗便可避免根系因移植受損。
育苗環境常較陰濕，有利種苗之高生長，而容器育苗可帶土團移植，成活較佳，廣被採用。如容器苗取出後有團土碎裂情形，表示根系發育不良，最好先在田間接受日照，刺激根生長後再定植；而根系盤生盆底時表示容器太小或移植太慢，育苗前應先行評估，移植前將盤底主根切斷有利爾後之根系發育。
在新梢生長的停滯期移植對作物最佳，因為此時的葉片不易被昆蟲啃食，且已能生產養分供根系生長之需，是植物最強健的時期。以季節而論，春季未萌芽前是最佳移植時機，其次是秋季開始結露後，這兩時期特徵為氣溫較低而水氣充足，甚至可以不修剪不澆水而成功移植。
作物定植後，極為仰賴根系自土壤吸收水分與養分來促進生長，如定植時土壤太濕，耕鋤時會使土壤結塊，壓實根系時也會，這個現象會使根系無法伸展，以致生長遲緩；另外黏土與泥炭要避免單獨使用作育苗介質，以免與田間土壤產生界面效應，嚴重的會讓根系渴死或溺斃。
庇蔭樹與地被植物的運用
既然多數植物屬於森林，也不需要全日照環境，採用自然農法後，已無機械化耕耘的必要，種植庇蔭樹與地被植物將有助於微氣候之改善，還給作物一個舒適的生活空間，也讓辛勤耕作的園丁有一個舒適的工作環境。
庇蔭樹的選擇必須能與主作物互補，避免使用同屬或同科的植物，以免純化生態系；能配合作物需求提供適當的日照量，最好能在作物之花果期落葉，一則補充有機質，一則供應最佳日照，有利於果實品質提升。
而地被植物它們的功能為割下後當栽培作物的敷蓋材料，及作堆肥的有機質，因此要選擇不同科屬的草類，而以吸肥能力強，生長快速的草類為佳，因為這類草類具有深廣的根系，能深層補充有機質活化土壤，並較作物快速分解與吸收土壤岩塊中的礦物質將其固定於植體中，是很好的肥田作物，但要注意其自播性，以免造成管理的困擾。
合理的空間配置
每種植物都需要生長空間，生長空間過密會使植物衰弱，招來昆蟲覓食並提供良好的隱蔽處所；而寬闊的空間不僅產量降低，也會增加天候逆境造成的損失。自然農法需避免同科屬植物大面積種植，因此不同作物間的空間配置以同行異列的配置方式較便於管理。
水的形態
水是植體中含量最多的物質，除了液態可見的水之外，氣態的水是大氣的重要成分，而土壤中也吸附了大量的水，可以說是無所不在唾手可得的物質，但生長在全日照且表土裸露的作物常需額外供水才能存活，這是不自然環境所造成的。
水的過與不及
在自然環境下生長的植物罕見因乾旱而死亡，但除了天降甘霖外，它們無法獲得灌溉，會有這麼大的差異主要來自於立地土壤的保水力及樹木提供的遮蔭；市場裡的蔬果幾乎都是水份過多的商品，像灌了水的豬肉，淡而無味且易腐爛。這與栽培者的獲利有關，因為過量的水能讓作物虛胖而增加重量，又可避免作物因乾旱而老化，降低商品價值。
適當的水分供應
水是植體養分輸送的載體，適量的水分能使土壤中的養份有效溶解而不流失，讓根系吸收運用，如果土壤已培養得像海綿，水分能迅速擴散滲透到達根部，直到土表結構被破壞才會形成逕流，當水滴太大直接衝擊土壤表層，常使表土結構瞬間瓦解，而土壤覆蓋能有效減緩此衝擊。
水分供應設備是相當經濟實惠的田間設施，但只有適時適量的供水能使作物健康的成長，不會讓人食之無味或難以下嚥。除非遇到夏季乾旱的情況才需每日灌溉，否則只在新梢停止生長葉色不再轉濃的時期定期澆水，以促進作物吸收養分儲存下次生長的能量。每次澆水以地表水珠集結至開始匯流之程度即可。
雨天是自然農法的休假日
如果遇到下雨天便不需供水，而且也不要下田工作，因此時的土壤含水量高，被人踐踏後會變成十分密實的泥巴，待乾燥時會變成根系難以伸展穿透的人造泥岩，使土壤喪失活力，而恢復至原狀需時甚久，努力的工作卻適得其反。
地表敷蓋的功用
土壤是微生物的棲地，但地表常因栽培作物而裸露，使土溫日夜急遽變化，土壤中的水分也因此快速蒸散，不利微生物與作物根系的生長，為改善這種現象，實施地表敷蓋是最有效的人為措施，而敷蓋材料以自然資材為佳，除了能緩和地溫與水分的變化，在分解的過程中也會不斷釋出養分以供作物使用。
如果是就地取材，割取作物周邊的草類來敷蓋，還可抑制與作物競爭的草類生長，施用這類敷蓋材料不需擔心分解時與作物爭氮的情形發生，因為它並非施入土中，就算碳氮比略高，分解它的微生物也會從空氣中取得足夠的氮源。
耕犁的影響
在自然農法中，耕犁是非必要的，耕犁的目的在疏鬆土壤並將較肥沃的表土與底層土壤置換，使作物根部能吸收更多養分；但耕犁除了殺死土中蚯蚓外，無可避免的會破壞土壤結構，使微細的土粒更向下移動聚集，這會改變微生物相並形成積水層，使作物根部易因缺氧腐爛進而被微生物入侵造成危害。如需耕犁時，點狀較條狀更較全面處理佳；以人力較牛耕更較農機處理為佳，使用重機耕犁是最糟的。
蚯蚓是專業的自耕農
蚯蚓喜歡細、爛、濕的食材，敷蓋的材料在分解細化後，便成為蚯蚓最佳的食材，而所排出的蚓糞則成植物最佳的有機肥，而其活動會促使土壤團粒化，增加土壤的保水與排水能力並提供中性的蚓糞。土壤中只要有充足的蚯蚓活動，便可取代人為的耕鋤，而且沒有耕鋤的負面影響。
泥足深陷是健康的土壤
當蚯蚓與微生物健康的生存於土中，土壤會變得鬆軟，像海綿一樣，人們踏上這樣的土壤會感覺到它的彈性，且凡走過必留下痕跡；在健康的土壤上栽培作物，不需費力的耕鋤整地，只需挖一個小坑將作物植入便可，是最省力省工的栽培環境。
耘的時機與範圍
耕是將土翻鬆以利種植，而耘是將作物周邊的小草去除，以利生長。耘是農藝作物栽培的必要工作，這是因作物移植後的初期生長比其他草類慢，若不耘草，作物生長必劣，現在的農業大多以藥劑抑制草類萌生，以減輕耘草的工作量，但這是不健康的農業方式。自然農法還是得完全依賴人力來耘草，在種植前全面耘草一次後立即種植作物，然後實施敷蓋以抑制草仔萌發，其後稀疏生長的草類再以人工耘草一次便可，此時僅需將植株下的小草耘除即可，如有宿根草類則以割除的方式抑制生長，以免傷害作物根系。
如果栽培大型草本或木本作物，只需將植坑上的幼草耘除，外圍的雜草用割或壓伏的方式抑制生長即可。
自然資材的使用問題
自然農法使用的資材侷限在能自然形成與存在的物質，但都是經過人為的處理，有機農法使用某些自然的資材來防治病蟲害，與自然農法不作病蟲害防治有相當大的不同，另防治病蟲害的自然資材有部分是有毒物質，殘留的問題仍不可輕忽；自然農法可在生物轉換的機制下使用化學肥料，因為這些化學肥料基本上是經人為精製的礦物質，仍屬於自然資材，使用上的考量是營養素的均衡完整，因此硫氯製成的肥料不宜使用，如硫酸銨、氯化鉀，雖是最便宜的氮與鉀素來源，但其硫氯含量高於植物需求甚多，施用後勢必衝擊環境生態。
自然資材的運用
自然資材種類繁多，自然農法中可分為四類：調節植物生長速度的水；供應土中生物食材的碳水化合物；庇護土中生物生息的耐久有機質；均衡土壤養分比例的肥料。
碳氫氧三元素雖然大量存在空氣中而不虞匱乏，但根系才是植物主要的吸收器官，在土壤中補充碳水化合物可幫助作物生長。主要的碳水化合物包含醣類、脂肪與蛋白質及核酸，以液態施入土中可快速被微生物利用，產生二氧化碳與氧並釋放熱能，這些氣體能使土疏鬆似海綿體，但熱量卻能使土壤增溫並改變微生物相製造有毒氣體產生危害，因此需注意施用濃度，尤其是高蛋白配方更須注意，若運用得當會有理想的深耕效果。
有機質也是碳水化合物，但是分解緩慢，能持續均勻的釋出完整養分以滋養土地，但其最大效益在於改善土壤的物理性，調節水分與土壤密度並為微生物良好居所，讓土中的生物得以均衡生長，可增加植物抗逆性並減少微生物為害根部。這類資材皆為固體，以表施與敷蓋為主，常見的有植物殘體及泥碳等，可加入堆肥中施用。
作物在不同生長階段有不同的營養需求，而土中供應的營養比例固定，釋出速度均勻，常需補充適當的營養素才能供應栽培作物生長所需，因此需依據作物需求與土壤現況製作堆肥與液肥來補充完整均衡的營養，但有很多自然資材不易購得或價格太高，此時化學肥料如石灰、苦土、過磷酸鈣、硝酸銨、硝酸鉀、尿素、珍珠灰、氫氧化鉀、磷酸鉀、磷酸鈣等便成經濟實用的替代物，以適當比例加入堆肥材料中製成堆肥，亦可製作出養分均衡完整的堆肥。
人為措施執行原則
植物生長環境必須要有陽光、土壤、空氣與水，人為措施是要營造最適合栽培作物的環境，除已介紹的主要措施如栽種密度、空間配置、灌溉系統、土壤培育四項外，尚有枝葉修剪一項。
枝葉修剪主要用於園藝作物，如果樹、林木、庭園樹等木本植物，透過枝葉修剪措施能提升光合效率、促進空氣流通、減少養分虛耗，可有效健化作物避免昆蟲取食。但如枝葉修剪不當，微生物會由傷口入侵植株，及新梢密生等弱化植株的問題。
在陰雨天修剪枝葉，因濕度高有力微生物繁殖，而植體抗生物質合成減少又被水分稀釋，故易受害，因此必須選擇晴天時作業；另外枝葉稀疏的植株亦不可實施此作業，以免樹體更衰弱；而修剪時期需避開日照強烈的夏季，以免使樹幹暴露在強日照下，易遭曬傷或萌生脆弱的不定芽；自然農法不做以產期調節為目的的修剪，因為它嚴重干預自然運行，並使果樹夭折。
修剪枝條必須減少傷口面積，讓癒合組織得以快速包覆裁切面，避免微生物在切口繁衍，修剪部位在枝條交會處或芽點之稍上方，可避免日照改善後不定芽叢生，因不定芽所形成的枝條耐風力差，易受風害。生長衰弱的密生枝必須疏剪，僅留生長勢較強的枝條，徒長枝除保留欲誘引至無枝葉空間者，其餘自基部或近基部之芽點上方剪除，以免因強勢生長而弱化其它部位之枝葉。
與修剪功效相當的作業有誘引、捻枝、拿枝等。誘引是用繩索或木竹將枝條暫時固定其生長方向，讓園內空間合理配置，使產量增加，但需注意誘引角度勿過於水平，以免不定芽滋生；捻枝是在新梢生長停止而尚未木質化時，對直立的強勢梢施以旋轉彎折至剩餘空間，以抑制生長並合理分配空間的手法，適時操作不會折斷枝條產生傷口，折彎部位木質化後會更強健；拿枝是在新梢生長已木質化但尚未老化時將直立強勢生長枝自基部與中段分別握住作ㄇ形彎折，以減緩生長勢的作業，適時操作亦不會折斷造成傷口。
運用化學肥料調配營養素完整均衡的資材
自然農法用在培育土壤的資材講究營養素的完整與均衡，調配是依據植物體營養素所佔的比例，碳約占45%，氮約佔1.5%，碳氮比約30倍，而植物殘體的碳氮比常高於此倍數，這是在乾燥時損失了部分的碳水化合物與氮所致，而其它的營養素耗損甚少，因此需添加氮素調整至20~30倍間，以利堆肥製作，添加的氮素如為精製的化學肥料，則會與其他營養素產生比例上的失衡，此時可依添加氮肥的量依氮3：磷酐1：氧化鉀4：氧化鈣2：氧化鎂1的比例添加其他四種元素，而其他的微量元素可自過磷酸鈣獲得或另加粉末狀的土壤補充，經微生物作用後會使這些養分固定於堆肥中，緩慢釋出供植物吸收。
而不同生長時期所需的養分，以利用液肥當追肥較快速有效，製作時可以健康的土壤當菌種來源，以粗榖粉或豆粉當微生物繁衍基質，用糖蜜當碳與微量元素來源，調好碳氮比，再依生長時期的氮磷鉀需求比例來添加磷鉀肥，如用豆粉，其氮素高，需以所含蛋白質比率乘17.5%計算其氮含量，不足時再以化學肥料補足；因碳氮比固定在20-30倍，需注意水溶液中的碳含量不可超過8%(含糖類為20%)，以免發酵困難，發酵時漸歇性打氣，以平衡好氧與厭氧菌之生長，約2周即可稀釋使用，注意稀釋液之氮磷鉀總和含量不要超過千分之二即可避免肥傷或過度干擾土壤生態。
微生物對有機質的作用
土中微生物有細菌、真菌、藍綠藻與原生動物、輪蟲、線蟲等，種類相當豐富，當土壤之物理、化學性質改變，便會使微生物相的均衡改變，而土壤溫度與濕度常受天候變化影響，使某些微生物大量繁殖而危害到作物。因此改善土壤環境會較以藥劑控制病害來的有效。
微生物分解複雜的有機物常由多種微生物協力完成，當有機物的營養素不均衡時，微生物亦會自所在環境如岩石、空氣與水中獲得。不同的有機質來源其營養元素組成差異甚大，單一有機質來源的營養元素對作物而言是不均衡的，因此常利用微生物能分解重組有機質的特性，用不同的有機質來調配出適合植物所需的有機質肥料。
以組成較簡單的有機質如蛋白質、澱粉等來培養微生物，常可使少數微生物大量繁殖，而製成特定的產物，如酒、醋、醬油等，因此如欲以簡單的有機質製作營養均衡的自然肥料，則需添加無機營養元素，如礦石粉、化學肥料，讓多種微生物能共同循環使用碳源，並藉由生物體固定無機營養元素。
微生物在健康的土壤中不僅為數眾多，而且種類豐富，非商業化的菌種商品所能比擬的，而且其中的菌種有在地優勢，更能適合當地的自然環境，而土壤中的岩石粉粒亦能提供豐富完整的營養元素，補足有機物欠缺的營養元素，是相當經濟實惠的菌肥接種材料。
每種微生物都有最適合的生育環境，當遇環境逆境時，便會停止繁殖，因此可藉由環境控制來促進或抑制微生物，其中最易人為控制的是通氣與溫度，在自然農法要求的是微生物相的均衡，因此製作堆肥或液肥時亦須實施人為的環境控制。
另微生物使植物致病亦需自然環境配合，大量滋生後才會致病，在均衡的微生物相中，反而有利植物對能致病的微生物產生抗生物質，因此不必在乎自然資材中有能使植物致病的微生物存在。
實現永續利用且漸入佳境
施行自然農法後，土壤與區域生態均會逐漸改變，使栽培作物在地化，具有較強的環境適應力，而提升生產力。土壤經由不斷的培育，地力會逐漸提升，肥沃而有彈性，微生物失衡致病的頻率則會持續降低；區域生態之歧異度增加，每種昆蟲的天敵種類會逐漸增加，單一種類的昆蟲不易大量繁殖，作物的覓食昆蟲為害性亦會漸次降低，農產的良率可獲提升。
生態平衡需要時間
當生態鏈中某一物種族群急速增加或減少，均會影響與其相關的物種繁衍，但其影響會有延遲效應，需經一段時間會顯現其後果，整個生態鏈結重新獲得穩定的平衡需要時間，因此在農耕區的生態會與自然的生態有所不同，有規律的栽培作業較有利於生態平衡的穩定，縮短生態變化的衝擊時間。
昆蟲也會挑嘴
當人們一起到野外時，有的人會被蚊子叮咬，有的人不會，此一現象有人認為是體質差異；而當植物群聚時，可發現部分植物會受昆蟲取食，而部分植物安然無恙，此現象有人認為健康的植物比較不會被昆蟲覓食，因為它們能分泌覓食昆蟲所不喜歡的物質。但有昆蟲覓食的植物不一定不健康，因為如果覓食昆蟲族群龐大或有特定的取食植物太少，亦會使作物被昆蟲取食。所以判斷植物健康與否不可僅以昆蟲取食與否為依據。
土壤培育後植物社會亦會重組
依栽培作物需求而培育土壤，雖然母岩性質不變，但土壤的理化性質會改變，不僅微生物相會變化，植物社會亦會因此重組，如土壤變鬆軟後，生長在堅硬土壤的植物會被其他植物取代，土壤酸鹼值改變亦會產生此現象，這些改變將使仰賴植物維生的昆蟲相起連動變化，因此土壤培育亦應逐步為之，才不致使區域生態嚴重失衡。
水土保持能幫助培育土壤
耕作的土壤是由有機質與岩石組成，自然生成的速度緩慢，經由不斷的耕作可加速生成，雖然生成速度加速，但如採取清園的方式栽培作物，土壤流失的速度將遠大於生成速度，使土壤日漸貧瘠。
要避免得之不易的土壤流失，最有效的方式是做水土保持，透過田間敷蓋、植草等自然方式或水平階段、集水溝渠等工程方式均能減緩土壤流失速率，栽培作物時應一併規劃實施，方能讓土地經由耕作而更加肥沃。
生產力提升的負面效應
現代物資充裕歸功於生產力的提升。大量的天然資源被開採出來當作能源與原料，似乎可以無限制的供應人類所需；農業方面一個農夫的生產力提昇到可以供養一百人以上，化學農業居功厥偉；工業方面生產力提升更速，自動化與機械化的生產模式，所需工人越來越少。如此高的生產力理應大幅改善人類生活，但實則不然，充裕的物資造成資源浪費與環境汙染；價格競爭下需要更多的產量才能損益平衡，導致偷工減料的黑心商品充斥；而生產所需的人力精簡，讓更多人無所事事，找不到安身立命之道，衍生社會亂象。
製程必須講究
生產毒酒的廠商經過合法程序設立，但它們不需釀造設備，也不需專業技術，因此會把工業酒精~甲醇拿來直接分裝販售，或是將加了甲醇或正己烷的變性酒精分餾後加香料與染料後變為各類飲用酒，如果是經由釀造製成的酒，就不會有這些毒害了，但釀造的成本無疑的高了很多。農業生產亦是如此，當鮮乳是以蛋白質含量為依據，三聚氰胺是便宜的蛋白質代用品，只要加水就能當鮮乳賣，所以就被拿來大量使用。這些產品都具有價格競爭力，但產品對食用者而言卻有毒害作用，所以產品的製程相當重要。
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